Die Bindung von Höchst an das Kloster St. Gallen war von jeher besonders eng. Wahrscheinlich stand in Höchst schon im 10. Jh. eine Eigenkirche der St. Galler Benediktiner. Die Gründung einer selbstständigen Pfarre wird für das Jahr 1263 angenommen. Eine Urkunde aus dem Jahre 1403 berichtet von einer Kapelle, welche mit ihrem neuen Altar von Bischof Heinrich von Konstanz zu Ehren der Heiligen Johannes Baptist, Johannes Evangelist, Blasius und Martin geweiht wurde. 1461-1798 war die Gesamtpfarre, der neben St. Johann-Höchst auch die vormalige Filialkirche St. Margrethen-Höchst angehörte, dem Kloster St. Gallen inkorporiert. Die Kaplanei Höchst wurde 1520 gestiftet, jedoch erst 1662 mit Kaplan Caspar aus St. Gallenkirch besetzt. Bis 1690 war Höchst Mutterpfarre von Fußach und bis 1805 von Gaißau. Das Patrozinium wurde in Höchst bis zum Jahre 1973 am 29. August (Enthauptung des hl. Johannes des Täufers) gefeiert und erst 1974 auf den Geburtstag des Heiligen am 24. Juni verlegt.
